Pendant 3 années, la Guerre des Clones fait rage, Anakin et devenu un Chevalier Jedi, ainsi qu'un héro de la République. Mais n'oublions pas qu'Anakin est le mari de Padmé, et vu que c'est un homme avant d'être un Jedi, il est arrivait se qui devait arrivait : Padmé est tombé enceinte. Anakin créniait par-dessus tout de la voir mourir. Nous en sommes à la fin de la Guerre des Clones quand le Chancelier Suprême Palpatine se fait enlever par les Séparatistes. Une grande bataille à alors eu lieu dans le ciel de Coruscant, où les armée Séparatistes et Républicaines s'affrontent sans merci. Durant la bataille, Anakin et Obiwan ont pour missions de s'infiltrer sur le vaisseau mère des Séparatistes et de libérer le Chancelier. Ils arrivent à s'y infiltrer et Anakin retouve ainsi, dans la salle où était retenu le Chancelier, le Comte Dooku. Les deux Jedi s'affrontent, mais cette fois, c'est Anakin qui prend l'avantage. Sous les encouragements de Palpatine (Obiwan ayant était assommé par Dooku) le jeune jedi coupe les mains du Sith. Celui-ci lui demande d'éparnier sa vie, mais Anakin le décapite à l'aide de son sabre laser et de celui du Sith. Obiwan sort enfin de son état et libère Palpatine. Les trois hommes s'enfuient du vaisseau qui vient de se cracher sur Coruscant. Anakin, qui fait parti du Conseil des Jedi grâce à l'appui de Palpatine, pense désormais que l'on va lui donner le titre de Maître Jedi. Mais il se trompait. Malgré les conseils de Yoda, le jeune Jedi en voulait toujours plus. Anakin alla ensuite voir le Chancelier Palpatine, qui lui demanda si il voulait devenir son garde du corps personnel. Le Jedi Accepta. C'est alors qu'un fâcheux inscidant se produisit : un robot du Général Séparatiste Grievous, déguisé en Jedi, assassina une personnalité politique importante. Un mouvement anti-Jedi éclata et se fut la fin de l'ancienne République. Palpatine put ainsi déclarer que les Jedi étaient des traîtres, et que seul Anakin était un Jedi respectable. Il se proclama Empereur de la Galaxie afin de balayer les fragments perdus à jamais de la République. Il lança l'Ordre 66, est les Jedi furent ainsi exterminé sans rien comprendre par leur soldats clones. Anakin soutenait le nouvel Empereur dans sa démarche, et quand celui-ci lui révéla qu'il était en réalité Dark Sidious, le grand seigneur des Sith, Anakin embrassa le côté Obscure et devint le redoutable Dark Vador (Attention, il est toujours Anakin Skywalker physiquement). Sur les ordres de l'Empereur, Vador assassina les derniers Jedi qui se trouvaient au Temples. Ensuite, il parti pour Mustafar, éliminer les derniers Séparatistes. Mais de retour à son vaisseau, Vador vit sa femme et son ancien maître. Croyant qu'elle l'a trahie, Vador la tue en l'étranglant avec la Force (mais elle ne meure pas de suite). S'en suit alors en rude combat entre le maître et son ancien Padawan, Alors qu'Obiwan allait en finir avec Vador, et tremblement de terre précipita le Sith dans une mare de Lave. Sauvait de justesse par les clones, les restent d'Anakin sont transportés sur Utapau, la planète médicale. Après plusieurs et long mois de convalaissance, Anakin Skywalker a définitivement saissé d'exister, et c'est une créature bionique vêtu de noir qui se relève au côté de l'Empereur. La première réaction de Vador est de demander comment va sa femme (il regrette se qu'il lui a fait). Palpatine lui répond qu'elle est morte par sa faute. Vador est fou de rage, la Force est tellement grande chez lui que sa colère fait exploser les murs de la pièce. Finalement, il rejoint Palpatine. Ensemble, au côté de Moff Tarkin, ils parcourent la Galaxie afin d'arriver devant le lieu de construction de l'Etoile de la Mort qui déjà commence à emmerger du noir de l'espace.